Евгений Скрынников родился 5 июля 1930 года в Москве.

С 6 лет Евгения Скрынникова начали учить музыке, в 7 он уже был принят в детскую музыкальную школу им. Гнесиных, но он всегда хотел быть художником и рисовал с тех пор как себя помнил.
С началом войны в 1941 году вместе с матерью Евгений Скрынников был эвакуирован в Нижний Тагил. В 1943 году семья вернулась в Москву. В 1945 году, окончив 7 классов Евгений Скрынников поступил в училище «Памяти 1905 года».
В 1948 году, с 3 курса училища «Памяти 1905 года» Е. С. Скрынников переводится в Московское Городское Художественное училище на Театрально-декоративное отделение. В 1950 году, Е. С. Скрынников окончил училище и поступил в Московский Полиграфический Институт. МПИ в это время ещё сохранял традиции ВХУТЕМАСа. Там преподавали крупные художники: А. Д. Гончаров, И. И. Чекмазов, Г. Т. Горощенко, П. Г. Захаров.
По распределению остался в Москве, вступил в Горком художников и графиков книги. Работал в центральных издательствах, таких как «Советский писатель», «Советская Россия», «Молодая Гвардия» и т. д. Участвовал в выставках Горкома художников и в молодёжных выставках МОСХа.
Был принят в графическую секцию Союза художников в 1974 году.
С 1987 года Е. С. Скрынников работает на кафедре рисунка и живописи в Московском полиграфическом институте в качестве старшего преподавателя.В 2001 году Е. С. Скрынников уходит из МПИ, продолжая преподавать в своей студии в Северном Чертаново, в которой с 1984 года занимаются все желающие.

Работы Е. С. Скрынникова находятся в ГТГ им. Третьякова, в частных российских и зарубежных коллекциях: в Германии, Франции, США, Англии, Японии.